ใน The Last Ship Season 5 เรื่องราวเข้าสู่ช่วงเวลาสำคัญเมื่อโลกต้องเผชิญกับการแพร่ระบาดของไวรัสร้ายที่คร่าชีวิตประชากรกว่าร้อยละแปดสิบจากทั่วโลก ท่ามกลางความสิ้นหวัง ลูกเรือของเรือพิฆาตขีปนาวุธนำวิถี ยูเอสเอส นาธาน เจมส์ ซึ่งเป็นความหวังเดียวของมนุษยชาติ ต้องร่วมมือกันในการค้นหาวิธีรักษาเพื่อหยุดการแพร่ระบาดของไวรัสและฟื้นฟูโลกให้กลับมาเป็นปกติ
เมื่อกองทัพเรือภายใต้การนำของกัปตันต้องเผชิญหน้ากับศัตรูที่หลากหลายและสถานการณ์ที่เลวร้าย พวกเขาต้องพบกับความท้าทายใหม่ ทั้งจากศัตรูภายนอกที่ต้องการควบคุมทรัพยากรสำคัญ และการเผชิญกับอันตรายที่มองไม่เห็น การต่อสู้เพื่อความอยู่รอดของมวลมนุษยชาติจะต้องพึ่งพาความรู้ความสามารถและความกล้าหาญของลูกเรือทุกคน
การผจญภัยที่เต็มไปด้วยความระทึก การต่อสู้กับไวรัส และการกอบกู้โลกใน The Last Ship ซีซั่นนี้เป็นบทสรุปที่เข้มข้นและเต็มไปด้วยอารมณ์ เพื่อให้มนุษยชาติได้กลับมามีความหวังอีกครั้ง
